Alla morte di Lorenzo de' Medici (1449-1492) signore di Firenze detto l'ago della bilancia la situazione degli staterelli in Italia si destabilizza causa la politica bellica del nuovo papa Giulio II della Rovere, di modesta famiglia di Albisola poi vescovo di Roma dal 1503 al 1513. Contrario alle autonomie signorili egli riprese il controllo di importanti città quali Perugia (1506), Bologna (1507) e aderisce alla lega di Cambrai colpendo la Repubblica di Venezia (1509) che, sconfitta ad Agnadello, deve cedere Ravenna e Cervia di nuovo nelle mani dello stato Pontificio. Quindi Giulio II voltafaccia e, insieme a Venezia, forma una coalizione anti-francese muovendo guerra al duca di Ferrara e Modena (alleato dei francesi e ostile ai veneziani) conquistando quindi Modena e Mirandola. La lega santa comprendente lo stato pontificio, Venezia, Spagna fu però sconfitta a Ravenna dalle truppe di Gaston de Foix (nipote del re di Francia), battaglia memorabile non solo per l'uso delle armi da fuoco ma anche per le forte ripercussione che ebbe sulla nostra città. La città fu depredata (Pasqua 1512) e lasciata in uno stato tale di miseria che come prima istanza i delegati della città chiesero l'esenzione dal pagamento di tasse all'autorità centrale romana.

In questo stato di parziale anarchia si rafforza in città la fazione dei Rasponi (il cui stemma è riportato a lato) provenienti dal contado della città avendo ampie distese di terreni nel triangolo Mezzano-Savarna-Alfonsine. Di stampo ghibellino, appoggiati da tutta una consorteria di famiglie a loro legate da vincoli di parentela, i Rasponi appoggiandosi anche con azioni di violenza, controllano di fatto molte delle istituzioni della città. Una delle prime case dei Rasponi in città fu l'odierna Cà d'e Vên (ossia casa del vino) tenuta fin dal 1300 e poi rifabbricata e ampliata nel 1541 circa; nella seconda metà del 1600 però fu ceduta in affitto e usata quindi come Osteria col nome di Osteria della Corona fino al 1723 quando la ritroviamo di proprietà dei Rasponi di nome Paolo e Cesare. Altre case furono edificate accanto a S. Agnese (odierna piazza Kennedy) delle quali sopravvivono oggigiorno le case dei rami Rasponi-Murat e Rasponi dalle teste; altra casa fu dove ora sorge il Palazzo della provincia che conserva la cripta di un ramo della famiglia Rasponi (Ramo Rasponi-Settecastelli).

Malgrado avesse tutta una consorteria di famiglie avverse, il governo ecclesiastico perdurò fino all'arrivo delle truppe napoleoniche (giugno 1796). Esso si esercitava tramite la figura di cardinale legato delle Romagne (che aveva sede nell'attuale palazzo della prefettura a Ravenna), esterno alla città, a volte con l'ausilio di un pro-legato o un presidente. Il cardinale legato era anche a capo delle milizie papali presenti nella rocca.

Sebbene Ravenna non sia stata madre di artisti di fama mondiale, alcune opere di buon fattura vengono realizzate in città nel XVI e XVII secolo. Da ricordare innanzitutto la famiglia Longhi con i suoi massimi esponenti Luca (1507-1580) e la figlia Barbara (1552-1638). In precedenza avevano operato in città Francesco Zaganelli da Cotignola (circa 1465-1532). Contemporaneamente ai Longhi troviamo Federico Barocci di Urbino (1528-1612). Successivamente troviamo molte opere del riminese Cesare Prondi (1626-1682) poi diventato monaco agostiniano nel monastero di Ravenna ove morì nel 1682. Questi fu allievo del Guercino a Bologna (pseudonimo di Gianfrancesco Barbieri di Cento 1591-1666) ed operò in Romagna a Cesena, Ravenna, Forlì, Faenza e Russi con produzione di pale di altare, affreschi, apparati scenici e quadri paesaggisti. Alla fine del 1600 troviamo invece Domenico Cignani (XVII secolo), Arcangelo Resani di Roma (1670-1740) e Francesco Mancini (1679-...)